поразили их очень великим поражением

см. комментарий к стиху 10. Альтернативный перевод: "Иисус и израильтяне наголову разгромили врагов, перебив их почти полностью".

а оставшиеся из них убежали в укреплённые города

"укреплённые города" - это населённые пункты с крепостью, то есть огороженные высокой и широкой стеной, способной выдержать осаду.