os céus

''o céu'' ou ''os céus''.

e tudo que neles há

''e todos os seres vivos que neles há'' ou ''e todas os grupos de seres vivos neles''.

isso pode ser dito na voz ativa. Tradução Alternativa (T.A.): ''Deus havia terminado de criar''. (Veja: rc://*/ta/man/translate/figs-activepassive)

Deus não trabalhou nem um pouco no sétimo dia.

Essa é uma expressão idiomática. T.A.: ''finalizou". (Veja: rc://*/ta/man/translate/figs-idiom)

''naquele dia Ele não trabalhou''.

Significados possíveis são: 1) Deus fez com que o sétimo dia produzisse bons resultados; ou 2) Deus disse que o sétimo dia era bom.

''e o separou'' ou ''e o chamou para si''.

''nele não trabalhou''.