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él estaba profundamente conmovido en su espiritu y estaba preocupado

Juan combina estas frases que tienen significados similares para expresar angustia emocional intensa y posible ira que Jesús experimentó. Traducción Alterna; "Él estaba grandemente perturbado" (Ver: rc://*/ta/man/translate/figs-doublet)

Dónde lo han puesto

Esta es una manera más suave de preguntar: "¿Dónde lo han enterrado?" (Ver: rc://*/ta/man/translate/figs-euphemism)

Jesús lloró

"Jesús comenzó a llorar" o "Jesús comenzó a llorar"