# Я осмотрел 

по-видимому, имеется в виду "Я осмотрел отряды, которые были выставлены для охраны". 

# не бойтесь их

то есть "не бойтесь врагов"

# Помните великого и внушающего страх Господа

Неемия указывает, кого именно следует бояться - не врагов, а Господа. Или же он имеет в виду, что это враги должны бояться - бояться Господа. Альтернативный перевод: "Не бойтесь наших врагов. Помните - это они должны бояться - бояться нашего великого Господа".